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文书档案是指反映党务、行政管理等活动的档案。在企业一般也可以把经营管理和生产管理工作形成的文件材料列入文书档案的范围。目前，文书档案的整理有两种方法，即按“卷”整理或按“件”整理。
按“卷”整理是一种传统的方法，一般可分以下几个步骤：
（1）分类。分类方法有多种，常用是年度分类法和问题分类法。年度分类法就是按照文件内容针对的时间把属于不同年度的文件分开。问题分类法就是按照档案所纪录的主要内容对档案分门别类。在企业档案工作中我们可以把文书档案工作档案分成党群工作、行政管理工作、经营管理工作、生产技术管理工作等四类。我们认为文书档案运用年度――问题分类法来分类是比较符合实际需要的；
（2）组卷（即组成案卷）。它是档案整理的基本环节，其实质是将一组密切联系的文件材料组合在一起，便于保管和利用。文书处理部门通过平时归卷将已办理完毕的文件分别归入有关卷夹，为年终立卷工作打下良好的基础。在确定某组文件能否组成一卷之前，还必须对已归档文件进行后的调整，然后进行具体的系统整理组合。对归档文件检察调整的内容包括：应归档的文件是否收集齐全完整；归档的文件是否属于本年度、本部门的立卷归档范围；每个卷夹内的文件是否保持了文件之间的有机联系，反映了立卷的特征；检察各卷夹内文件的保存价值是否大体一致，并确定保管期限；检查各卷夹内文件数量是否适当；
（3）卷内文件材料排列（按文件形成的时间先后或重要程序排列）；
（4）根据排列结果，对卷内文件材料有图文的页面逐页编号；
（5）编制卷内目录（样式附后）和备考表；
（6）按卷内目录、文件材料、备考表的顺序排列后装订成卷或按件放入档案盒内；
（7）拟写案卷标题，填写案卷封面。案卷标题即案卷题名，是案卷的名称，是对卷内文件材料的高度概括。拟写案卷标题内容概括确切，文字上要简练通顺，标题字数一般不超过50字为宜。标题结构一般由主要发文机关、内容、文种三部分构成；
（8）案卷排列与编号。案卷排列要保持案卷之间的有机联系和条理性，一般可按先，长期，短期来进行排列，然后按排列顺序每年编一个流水号；
（9）编制档案案卷目录。案卷目录由归档号、案卷号、题名、年度、页数、保管期限、备注等组成，案卷目录可以多年编成一本或一年多本。
按“件”整理要以计算机管理为前提条件，主要步骤有:
（1）对归档文件逐件装订固定；
（2）对归档文件以“件”为单位进行年度――保管期限分类（不确定期限的，只按年度――问题分类即可）；
（3）对分类后的归档文件按时间、重要程度排列，其中对成套性文件材料相对集中；
（4）根据排列结果逐件在归档文件上方空白处加盖“档号章”（样式附后），并填写有关栏目的内容；
（5）编制归档文件目录（样式附后）；
（6）将归档文件按连续件号顺序装入无酸纸档案盒。